Fundación Colosio nace con el nombre de Cambio XXI Fundación Mexicana, el día 28 de febrero de 1991 en el Salón de Usos Múltiples "Alfonso Reyes" del Comité Ejecutivo Nacional del Partido Revolucionario Institucional cuyo Presidente era el Lic. Luis Donaldo Colosio Murrieta, hombre visionario y fundador de una organización dentro del Partido dedicada a investigar y analizar sistemáticamente los temas de orden político y social.

Los fundadores de la entonces Fundación Mexicana, según consta en su Acta Constitutiva son: Manuel Villafuerte Mijangos, Enrique Soto Izquierdo, Luis Aguilar Villanueva, Roberta Lajous, Luis Ángeles, Agustín Basave, José Antonio Carranza Palacios, Jaime Cárdenas García, Salvador Cosío Gaona, Ángeles Gozález Gamio, Jorge Hernández Campos, Esteban Moctezuma Barragán, Cesáreo Morales, Leones Pérez Nieto Castro, Juan Rebolledo Gout, Rafael Segovia Canosa, Carlos Sirvent, Raúl Castellanos Hernández, Bernanrdo González Mora, Antonio González Kuri, Sergio Martínez Chavarria, José Luis Stein Velasco, Manuel Villa Aguilera, Gilberto Borja Navarrete, Jorge Kahwagi Gastine, Julieta Guevara, Jaime Castrejón Diez, Marco Antonio León Hernández, Miguel Ángel Porrúa, Marialo Lemus Gas, Alfonso Ramírez Lavín, Cristina Alcayaga de Ruíz de Velasco, Augustto Isla Estrada, Braulio Guerra Malo y María de los Ángeles Moreno Uriegas.

En mayo de 1994 la Asamblea General de Fundación Mexicana aprueba cambiar su denominación a Fundación Mexicana Cambio XXI Luis Donaldo Colosio y, posteriormente, en abril de 1996 se realiza otra modificación para quedar registrada como Fundación Colosio.

A lo largo de tiempo, Fundación Colosio ha cumplido con la misión de ser la instancia rectora y coordinadora del Partido en funciones de investigación y análisis, divulgación ideológica y de apoyo a la capacitación política. Todo ellos para contribuir al desarrollo de la cultura democrática en el país.

Los Presidentes de su Consejo Directivo Nacional han sido, en orden cronológico: Mariano Palacios Alcocer, José Francisco Ruiz Massieu, José Narro Robles, Luis Aguilar Villanueva, Enrique Jackson Ramírez, Agustín Basave Benitez, Rosario Green Macías, Oscar López Velarde Vega, Sabino Bastidas Colinas, Rodolfo Lecheverría Ruíz, Beatriz Paredes Rangel, Francisco Rojas Gutiérrez y actualmente Marco Antonio Bernal Gutiérrez.